托里县食品药品监督管理局设2个内设机构。

（一）综合办公室

组织协调局机关政务工作，负责局机关人事、财务、工资福利、文电、会务、信息、档案等日常工作运转及安全生产、综合治理、保密、政务公开、劳动、宣传、统计、文明建设等工作；承担干部职工学习、培训、组织实施全县药品、医疗器械从业人员和餐饮服务业、保健品、化妆品从业人员岗位培训工作；负责监督检查有关法律、法规及规章的贯彻执行和法制宣传工作；负责行政案件处罚审核、行政复议和行政诉讼工作；负责党廉、纠风、信访及领导安排的其他事项。

（二）食品、药品监督检查室

承担餐饮服务食品安全管理工作；承担餐饮服务安全状况调查和监测工作，发布餐饮服务食品安全相关信息；承担餐饮服务食品安全应急工作，组织开展餐饮服务食品安全违法行为的查处工作；承担保健食品监督管理、化妆品卫生监督管理工作。负责整顿、规范药械市场秩序，依法查处药品(医疗器械)研究、生产、流通、使用中违反药品(医疗器械)管理法律、法规的行为；配合有关部门实施国家基本药物目录制度。